G. varius có chiều dài cơ thể tối đa được ghi nhận là 32 cm[4]. Các loài Gomphosus đều có chung một đặc điểm là phần mõm dài và nhọn như mỏ chim nhưng mõm của cá con ngắn hơn rất nhiều[3].

Như nhiều loài cá bàng chài khác, G. varius là một loài lưỡng tính tiền nữ (protogynous hermaphrodite), nghĩa là tất cả cá con đều phải trải qua giai đoạn trung gian là cá cái trước khi biến đổi hoàn toàn thành cá đực, đồng thời G. varius cũng là loài dị hình giới tính.

Cá cái có đầu và thân trước là màu trắng, lốm đốm những chấm đen trên mỗi vảy, chuyển dần sang màu xám ở thân giữa, sẫm đen ở thân sau và toàn bộ vây đuôi; vùng trên của mõm có màu đỏ, kéo dài thành sọc đen băng qua mắt; vây đuôi hơi bo tròn, có dải viền màu trắng xám ở rìa sau. Cá đực có màu xanh lục lam sẫm với một vệt màu vàng lục ở sau đầu, trên gốc vây ngực; mỗi vảy trên thân có một vạch màu đỏ; vây đuôi cụt, có một dải màu xanh lam sáng hình bán nguyệt ở rìa sau. Cá con có lưng màu xanh lục (hơi nâu) với 2 dải sọc ngang màu đen ở mỗi bên thân (một sọc băng qua mắt, sọc còn lại nằm trên bụng); phần thân còn lại có màu trắng[4][5][6][7].

Trong quá trình tán tỉnh, màu xanh lam trên cơ thể cá đực trở nên chiếm ưu thế, và dải màu vàng lục ở sau đầu sẽ sáng màu hơn[1].

Số gai ở vây lưng: 8; Số tia vây ở vây lưng: 13 - 14; Số gai ở vây hậu môn: 2 - 3; Số tia vây ở vây hậu môn: 10 - 13; Số tia vây ở vây ngực: 15 - 17[4][5].